病理信息系统能在一个界面上获取上述所有的信息，能够与临床医生和患者实时地交流，使病理医生在获得足够信息的前提下，为患者提供有用的病理诊断信息。通过全院信息平台，能够让各相关系统（病理检查与医护工作站的医嘱、病历文书）之间更好的协同工作，降低医护人员工作量，将精力更多的投入到观察患者，提高诊疗水平上，为患者提供更快、更好的医疗服务。
登记工作站主要是标本登记，病人基本信息的获取，我们有多种方式实现病人信息的登记录入，包括从HIS读取信息，电子申请单和手工录入方式。系统实现临床医生在医生工作站上开病理检查电子申请单，病理系统能接受电子申请单。在实现电子申请单之前，病理系统也可以从HIS系统中提取病人的基本信息，解决病理科常见的因手写申请单识别不清导致的病人信息不准确的问题，减少病理科工作量及工作强度。
*用户可以自定义病例库，也可以指定默认的病例库，可以按病例库进行分库登记，如组织学（常规）、细胞学、液基细胞、外院送检、肾穿刺、分子病理、器官移植等。
*用户可自定义病例库的使用或停用，可限定存访问。
*自动产生病理号及病理号条码，可自定义病理号编码规则。
*申请单录入，录入过程采用提示选取、拼音代码等快速输入方式。
*输入方便，可预设各字段常用词并使用助记词进行输。
*连接HIS，接收临床发送的电子申请。
*通过条码扫描或直接录入病人相关编号从HIS中提取信息。
*病理号按当前病例库的编号规则自动升位，也可手工调整。
*登记时出现病理号重号系统会自动提示。
*标本签收，记录不合格标本及不合格。
*系统自动检索当前病人的历次检查。
*原始申请单底单电子存档及打印等。
大体取材工作站,是病理信息系统中的主要部分之一。用户可拍摄大体标本照片，进行取材标注和测量，在病理网络工作站上查看大体标本照片和取材明细，可轻松打印出同时具有大体标本图像和镜下图像的图文报告。
*一体化拍照平台，可自动聚焦，自动白平衡，自动暴光， LED光源辅助照射，任意角度旋转。
*通过色标自动提示已登记未取材的病例记录或是有补取医嘱的病例记录。
*可通过条码枪扫描标本容器（袋）上的病理号条码自动提取相应记录。
*取材明细表记录任务来源、取材序号、取材部位、材块数、取材时间、取材医生和记录人员等信息。
*系统自动计算出蜡块数和材块数。
*提供“标本处理”记录，包括“常规保留”、“永久保留”、“教学标本”、“科研标本”、“全埋”、“脱钙”、“已用完”、“销毁”等内容，也可输入剩余标本的存放位置。
*向诊断工作站提供病例的取材明细、状态及取材医生的信息。
*采集大体标本图像，进行大体组织描述。
*记录取材医生的口述录入，便于取材医生校对录入员的大体检查信息。
*大体图像的标注、测量。
*系统提供预定义的词库及词组，方便快捷录入。
*提供工作移交或医嘱需要的在线式留言功能。
取材后的标本组织由取材医生移交给技术室，首先由技术员进行材块核对，准确无误后，再进入脱水、包埋流程，包埋后由技术员进行包埋核对及确认。
*系统自动打开所有已取材但尚未包埋的病例取材明细记录（即蜡块数、组织名称和材块数），以便技术员在包埋时进行核对。
*提供取材列表信息的核对及打印。
*包埋完成核对后进行确认。
*实现蜡块号条码的打印。
*列表所有核对确认后的蜡块信息，并可选择同步或异步打印蜡块编号。
*相关记录可用于工作量统计。
*提供按取材时间或取材人员姓名进行检索查询。
在切片工作站中，提供了对切片流程的质控和管理，系统自动生成切片号及切片条码号，在切片确认的同时可以同步打印玻片标签。可显示从包埋工作站发送过来的待切片列表信息，和已切片列表信息，方便技术室进行核对确认，配备的扫描设备可实现快速扫描核对，提供切片列表工作单的打印功能。
*系统提示所有已包埋但尚未制成切片的病例列表，或是有重切、深切要求的病例列表，或是下了免疫组化医嘱须切白片的病例列表。
*医生在报告工作站开出了重切、深切医嘱，切片工作站可以自动给技术员以提示，以及时处理。
*按照蜡块包埋情况或重切、深切、免疫组化医嘱要求自动生成切片条码标签列表，用户可以进行手工调整。
*对每个病例都产生出切片明细列表，诊断医生可进行切片质量评价。
*切片标签支持自动和手工生成多种情况。
*批量打印切片条码标签。 可打印切片工作单。
*病例状态自动变为“已制片”。
*相关记录可用于技术员工作量统计，切片质量统计。
*提供工作移交或医嘱需要的在线式留言功能。
*支持按包埋时间，包埋人员或切片人员分组查询、排列任务。
在特检工作站中，提供了对医嘱的全面管理，自动接收从诊断室发送过来的技术医嘱和特检医嘱等申请信息，技术医嘱包含有：重切，深切，补取，薄切，连切，切全，教学片，白片，其他等；特检医嘱包含有：免疫组化，特殊染色，分子病理，电镜检查等，对医嘱的工作进展系统提供了不同的状态信息。
*自动接收诊断室下达的重切、深切、免疫组化、特殊染色、分子病理、电镜检查等的医嘱记录。
*系统提示已发出特检医嘱（免疫组化、特殊染色、分子病理等）要求但尚未执行的病例信息列表。
*可从特检医嘱信息中提取病例信息、标记物名称等内容，自动生成免疫组化切片条码标签，并打印出来。
*可按照标记物或病理号分类打印染色工作表。
*免疫组化染色完成并确认后，信息自动返回报告工作站并提示医生查看。
*系统按照切片要求自动生成切片条码标签，用户可进行手工编辑。
*批量打印切片条码标签。
*切片完成后通过条码扫描进行切片确认。
*提供工作移交或医嘱需要的在线式留言功能。
*可按医嘱申请时间，医嘱类型进行关联查询。
诊断工作站包括有病理和细胞学诊断报告工作站，是病理信息管理系统中的主要组成部分，该功能模块包括有病人登记、采集图像、选取图像、删除图像、病理诊断、冰冻报告、切片评价、技术医嘱、特检医嘱、复片意见、其他检查、科内会诊、病人随访、报告打印，查询统计等一系列功能。
*书写诊断报告、打印或向临床发送确诊报告。
*提供三级医生诊断模式，上级医生可对病理诊断进行复查、书写修改意见并单独保存供原报告医生查看。
*向取材和制片站点分别发送补取、重切、深切、特检等医嘱申请,可查看内部医嘱的执行情况。
*可对免疫组化切片进行评级。
*自动提示打开病例的状态信息以及历次检查的情况。
*可对疑难或特殊病例进行追踪管理，系统在“随访病例”列表自动进行提示。采集显微图像、输入光镜所见。
*提供批量打印、批量审核、批量发送等批处理功能。
*根据不同的登录用户角色提供了不同的任务列表。
*可发出科内会诊申请，系统在“会诊病例”列表自动进行提示，其他医生进入系统后可快速打开这些会诊病例并书写自己的会诊意见。
*可对感兴趣的病例进行收藏管理，在“我的收藏记录”中可检索这些记录。
*系统对审核后的记录自动进行锁定，需修改时，必需有主任医生取消审核后才能进行修改。
*对记录的修改与删除操作，系统通过日志表功能自动记忆修改前的内容，确保数据安全。
*提供疾病报告的标准常用词、模板与范本词库。
*系统根据登录用户身份可检索“我的报告”、“我的未审核报告”、“我的未打印报告”、“我的收藏记录” 等信息。提供工作量的查询统计功能。
*提供工作移交或医嘱需要的在线式留言功能。
*用户可自定义用不同的色标来标识病例相关的进展状态。
*提供病历导入、导出、转存与发送功能。
细胞学诊断报告工作站，集成了脱落细胞学，TCT检查专用报告，HPV检测报告等，是病理信息管理系统中的主要组成部分，该功能模块包括有病人登记、采集图像、选取图像、删除图像、细胞学诊断、技术医嘱、特检医嘱、复片意见、其他检查、科内会诊、病人随访、报告打印，查询统计等一系列功能。
*细胞学、液基细胞学（TCT）病例独立分库管理，病理号按照预设格式自动升位。
*根据登录用户身份，自动提示“我的未审核报告”、“我的未打印报告”、“我的未写报告”、“我的收藏夹”、“科内会诊”、“需随访病例”等列表。
*自动提示该病例的历史病理结果和同次送检的其他标本检查情况。
*使用光学摄像头或带标准TWAIN32接口的数码摄像头，可实时浏览、采集和保存镜下图像，可对图像进行多种处理、测量、标注功能。
*采用包括TBS2004在内的多种分级报告系统，用户点选选项即可快速输出液基细胞学报告。
*可根据多个条件来组合查询或统计病例，可以进行模糊查询，也可以进行精确查询。查询或统计出的结果可以导出EXCEL表格文件。
专项报告工作站，除常规组织学和细胞学检查的报告外，软件提供专项的检查报告模块，如胃检，肾病，分子生物学，FISH，PCR及流式报告。具有完善的用户权限管理功能，能在充分考虑报告信息安全性的基础上对诊断报告环节进行科学规划。
*系统根据登陆用户身份，自动提示“我的未审核报告”、“我的未打印报告”、“我的未写报告”、“我的收藏夹”、“科内会诊”、“需随访病例”等列表；选择病例并打开后，系统自动提示该病例的内部医嘱状态、报告状态、打印状态、收藏状态，以及同名病人的其他检查；采集图像、输入光镜所见、诊断意见、生成报告、打印或向临床发送报告单；上级医生可以对病理诊断提出修改意见，并单独保存下来，供原报告医生查看；在用户权限范围内可对报告进行审核和取消审核管理，审核后的病例无法被修改和删除。
*输入诊断报告（文字）；查阅以往病人结果（包括图片）、会诊读片；可发出内部医嘱要求，包括重切、深切、补取、免疫组化等，可查看内部医嘱相应的执行情况（医嘱状态）和结果；可对免疫组化结果进行染色评价；可发出科内会诊申请，系统会自动加入“科内会诊列表并进行提示，其他医生登录系统后可以快速定位这些会诊病例。
*可查看内部医嘱相应的执行情况（医嘱状态）和结果；可对免疫组化结果进行染色评价；可发出科内会诊申请，系统会自动加入“科内会诊列表并进行提示，其他医生登录系统后可以快速定位这些会诊病例。具有查询检索、统计报表、WHO国际肿瘤疾病编码统计、肿瘤疾病规范化组织病理学报告的标准模块。
*在诊断窗口中打开某一个病例，系统自动提示该病人历次来做过的检查信息，并提供文字及图像同屏对比。
*包括妇科与非妇科细胞病理诊断模块、WHO国际细胞病理学诊断软件。具有免疫组化医嘱和科内会诊意见的传输和管理功能。
*提供多种符合要求的分子病理报告格式并可根据用户要求设计修改。智能化向导式软件操作界面, 支持绝大多数数码图像输入设备（扫描仪，摄像头，数码CCD，数码摄像设备）, 支持多种图象文件格式。
*提供规范、方便实用的报告常用词管理，能够在写报告时随时增减常用词，并能区分公有和个人两种类型。
病理档案是科室重要的诊疗、科研和教学的资源，其管理体现科室的整体水平，特别是对于历史悠久的大医院更为重要，也相对较为复杂。病理信息管理系统目前已实现了切片的电子核对归档，切片制作完成经核对确认后，资料室管理人员就能了解该切片的负责医师并能督促其按时归档。切片的借阅也可在网上申请，由资料室管理员送至医师手中。系统支持可将电子登记簿中记录的全部信息导出为Excel表格形式，并设置了历史资料录入程序，方便进一步的科研查询需求。
*按照病理号区段，将资料（申请单或底单）、蜡块、切片分别归档处理，录入具体的归档位置。
*病例状态自动变为“已归档”。
*借还片记录登记，详细记录借出人员或单位，借片日期，张数，押金情况等。
*资料室借还片管理，及时了解和处理“借出”、“归还”、“作废”的切片情况。
*切片归还时记录外院会诊意见。
*提供借片凭证模板，打印借片凭证。